A múzeum legkevésbé ismert gyűjteménye egészen különleges, bár kiállítás-technikai szempontból igen nehezen értékelhető anyagot foglal magában. Kialakulása megegyezik a többi gyűjteményével: az első világháború után felszámolt alakulatok által használt pecsétnyomókkal és bélyegzőkkel indult meg a gyűjtés, amelyhez a második világháborúig a folyamatosan cserélt hadilevéltári és hadimúzeumi bélyegzők csatlakoztak.
Pecsét- és Bélyegző Gyűjtemény
Gyűjteményvezető: Fröhlich Dávid (honvédelmi alkalmazott)