A Térképtár anyagának felosztása a bécsi Hadilevéltár rendszerén alapul, mivel az anyag egy része onnan származott, így eredeti beosztását megtarthatta; másrészt a rendszerbe gyakorlatilag némi módosítással mindenféle térkép besorolható.

A térképek csoportosítása nagyobb területegységek és országok szerint történik:

Kontinensek – jelölésük A, B, C, D, E, F, ezen belül ország csoportok, országok – jelölésük római számokkal. A földrajzi-területi beosztáson túl tematikus a megkülönböztetés, három csoportba osztva:

1. - általános / politikai, közigazgatási/ térképek
2. - természetföldrajzi /hegy-vízrajzi, vízrajzi, geológiai, stb./ térképek
3. - szaktudományos /katonai menettérképek, út, posta, vasút, turista, néprajzi, határ, stb./ térképek